Tra virus e batteri ci sono i funghi o miceti. Anche se non sono all'ordine del giorno, le infezioni o infestazioni dovute a questi microrganismi sono piuttosto diffuse e possono causare seri fastidi. Per rendere l'idea, le micosi superficiali più comuni riguardano negli Stati Uniti più o meno il 15% della popolazione adulta. Un'altra considerazione generale è che i funghi e i lieviti sono molto più complessi di virus e batteri e questo in qualche misura si riflette sul trattamento, di norma più difficile che con gli altri due tipi di microrganismi. Con il nome di funghi si indicano almeno tre gruppi di organismi diversi: le muffe, i lieviti e i funghi propriamente detti. I più semplici, perchè unicellulari, sono i lieviti, mentre agli altri due gruppi appartengono a organismi più complessi.
Le micosi, in linea generale, possono essere suddivise in:
> Superficiali: cioè confinate alla cute, ai capelli o alle unghie. Le più comuni sono quelle denominate genericamente tinea e qualificate da un aggettivo che rimanda alla localizzazione: si hanno così la tinea capitis (localizzata alla testa), la tinea cruris (inguine), la tinea pedis (piede, detta più comunemente piede d'atleta) e così via. Responsabili di queste manifestazioni sono i funghi dermatofiti, cioè che prosperano sull'epidermide (lo strato superficiale della pelle), a loro volta suddivisi nei generi Trycophyton, Microsporum ed Epidermophyton.
Esistono anche micosi tipiche delle mucose, tanto della bocca quanto dei genitali, ed è il caso di quella sostenuta dalla Candida albicans, lievito normalmente presente nell'intestino e nella vagina e che non provoca danni (tecnicamente si dice che è un microrganismo commensale). Sempre nelle dermatomicosi rientrano altre forme non chiamate tinea perchè dovute a organismi diversi dai dermatofiti: è il caso della pitiriasi versicolor, caratterizzata da macchie brune o gialle su dorso, torace e addome e che è causata dalla Malassezia furfur.
Per la loro rilevanza e frequenza, anche le infestazioni delle unghie hanno una denominazione a parte (onicomicosi) e anch'esse si devono ai dermatofiti ma pure ad altri funghi e lieviti come la Candida. Nelle onicomicosi è abbastanza frequente che sia implicato più di un microrganismo.
> Sottocutanee: infezioni più invasive ma comunque estese soltanto al derma e alle strutture immediatamente sottocutanee. Le micosi sottocutanee sono molto più rare, perchè per presentarsi richiedono che si verifichi una lacerazione della cute, come accade in seguito a una ferita, alla puntura di un insetto o di una spina. Possono colpire anche l'occhio, per esempio, ma sempre in presenza di un trauma che ne ha consentito la penetrazione. È solo attraverso questo varco, infatti, che il fungo può penetrare la barriera della pelle.
> Sistemiche: infezioni che coinvolgono gli organi interni (per esempio il polmone). Di norma le infezioni profonde da funghi sono abbastanza rare e molto spesso sono dovute a condizioni particolari, che vanno dall'assunzione di farmaci che possono deprimere la risposta immunitaria (per esempio la chemioterapia) alla presenza di altre malattie sistemiche.
> Opportunistiche: infezioni che si presentano soltanto nei pazienti immunocompromessi, cioè con difese immunitarie insufficienti.
